در روایات آمده است که سید محمد و پسرش جوانش سید علی، از پیروان و مخلصان امام علی (ع) در ایران و از یاران آقا سید جلال الدین اشرف بوده اند. بقعه آقا سید محمد در شهرستان آستانه اشرفیه واقع است و چون گفته می شود ایشان استاد علوم قرآنی بوده اند به مرقد ایشان آخوند مزار نیز گفته می شود.
بنای بقعه به شکل مستطیل و بام آن سفالین است. در كنار اتاق حرم ايوانهايی با فيلپاهای جانبی وجود دارد. دامنه بام سه پشته و ديوارهای ايوان با ديوار نگاره های مذهبی آراسته شده است. در چوبی و قديمی بقعه دارای كتيبه هايی با آيات قرآنی و ادعيه است كه تاريخ 870 هجری قمری و نام فقيه «احمد بن ابوالرضی بن علی پينچايی» بر روی آن مشاهده میشود.
همچنین اشعاری از محتشم كاشانی به تاريخ 1333 قمری بر ديوار ايوان این بقعه نقش بسته است.