بقعه سید رکن الدین از دیدنی های یزد به شمار میرود و در خیابان مسجد جامع کبیر یزد و در مجاورت این بنای تاریخی قرار دارد.
سید رکن الدین ابوالمکارم محمد قاضی حسینی یزدی فرزند قوام الدین بن نظام بود که از بزرگان و حاکمان آن دوران محسوب می شد. وی در سال ۷۳۲ هجری قمری از دنیا رفت و در مدرسه رکنیه به خاک سپرده شد. این بنای تاریخی بخش کوچکی از یک مجموعه بسیار بزرگ است که شامل مدرسه، رصدخانه، کتابخانه، مسجد، دارالشفا و خانقاه بود که امروزه از این مدرسه قسمت های کمی بر جای مانده و به نام بقعه سید رکن الدین شناخته می شود.
ساخت این بنای تاریخی در سال ۵۲۷ هجری قمری به پایان رسید و پس از گذشت قرن ها از ساخت و تغییرات آن در طول زمان به صورت امروزی در آمده و از جاهای دیدنی شهر یزد است.
تعلق این بنا را به دوره ی آل مظفر منسوب می دانند. این بنا در برخی منابع به صورت مدرسه رکنیه معرفی شده است. این بقعه با گنبد لاجوردی رنگش شباهت زیادی به مسجد جامع یزد دارد و معماری جالبی دارد که گوشه سازی متعدد آن را از ۸ ضلعی به ۱۶ ضلعی تبدیل کرده است. در این بقعه تمامی کتیبه ها و تصاویری که با روش های خاص گچبری شده توسط طلاکاری پوشیده شده اما متاسفانه، به دلیل تخریب فراوان و بر اثر گذشت زمان طولانی از ساخت آن امروزه بخش اندکی از آن طلاکاری بر جای مانده است. همچنین تمامی دیوارهای این بقعه با انواع تصاویر هندسی و گیاهی و کتیبه هایی به خط کوفی تزیین شده است.
قدمت این اثر تاریخی به قرن هشتم هجری بازگشته و در ۱۵ آذر ماه سال ۱۳۱۴ با شماره ۲۴۶ به ثبت آثار ملی ایران رسیده است.