مسجد جامع یزد را میتوان درخشانترین بنای این شهر دانست. این مسجد، تغییرات زیادی را در طول تاریخ شاهد بوده است. نکته مهم درمورد مسجد جامع یزد این است که هر قسمت آن در دورهای خاص ساخته شده و بانیان مختلف، در آن تغییراتی ایجاد کردهاند و قسمتهایی به آن افزودهاند. این بنا به خاطر خوابیدگی گنبد، سردر رفیع و بلند و کاشیکاری زیبا و منحصربهفردش شهرت دارد.
گرچه بنای این مسجد را از آثار دوره تیموری میدانند، اما تاریخچه این مسجد به قرن سوم هجری و زمان حکومت عمرو لیث صفاری برمیگردد که مسجد جامع عتیق با طرح شبستانی ساخته شد. این مسجد در قرن پنجم هجری، در زمان حکومت امرای کاکوئی یزد، تعمیر و بازسازی شد و منارههایی به آن افزوده شد که تا قرن نهم هجری پابرجا بود. آثار این مسجد، تا مدتها در کنار مسجد جامع فعلی باقی بود. بعدها در سمت غرب مسجد جامع عتیق، مسجدی با یک گنبدخانه و چند ایوان بنا شد که بانی آن فردی از دودمان کاکوئیان آلبویه بود. این مسجد، که به مسجد جامع قدیم معروف است، طبق شواهد بسیاری، بر روی یک آتشکده از دوره ساسانیان ساخته شده است. در سال 724 هجری، فردی به نام مرتضی اعظم سعید رکنالدین محمد بن قاضی، زمین پشت قبله این مسجد را خرید و بنای مسجد جدیدی را در آن آغاز کرد، اما قبل از مسقف شدن مسجد از دنیا رفت و بنا نیمهکاره ماند. در دوران فتحعلیشاه قاجار، اقدامات ساختمانی گستردهای در این مکان انجام شد و قسمتهایی از این سه بنا را ویران کردند و بنای واحدی از آن ساختند که مسجد جامع کنونی همان بناست.
در قسمتهای مختلف مسجد جامع یزد، کتیبههایی وجود دارد که نام معماران قسمتهای مختلف بنا و سال اقداماتشان بر آنها نوشته شده است. این مسجد، قدیمیترین نمونه معماری است که در قرن نهم هجری در معماری مذهبی یزد از آن تقلید شده است. طرح کلی این بنا، مرکب از یک مقصوره گنبد دار و یک شبستان مستطیل بلند و کشیده است. طرح چهارگوش این مسجد، برگرفته از الگوی معماری کعبه است که بنایی کاملا قدسی و متعالی در اسلام است.
در نمای این مسجد از کاشیکاریهای بینظیری استفاده شده که یکی از بهترین بخش های بازدید از آن، دیدن این کاشیکاریها به خصوص در گنبد و محراب است. گنبد مسجد جامع یزد، به دلیل کاشیکاری و خطاطیهای تکرارشونده روی آن، از آثار ممتاز معماری دنیا محسوب میشود. نقوش به کار رفته در تزیینات این مسجد، نمادهایی از عقاید مذهب شیعه هستند. این نقشها شامل شمسه و ستاره، قندیل، نقوش محرابمانند، گچبریهای زنجیرهای و ... میشوند. وجود نقوش نمادین در مسجد جامع یزد، در حقیقت تفکرات شیعی سازندگان و بانیان آن را در زمان استقرار یک حکومت مرکزی سنی نشان میدهد.
از نظر جغرافیایی، مسجد جامع یزد وسط شهر قدیمی و در داخل حصار قرار داشته و در یزد کنونی در ضلع غربی خیابان امام خمینی، انتهای خیابان مسجد جامع، محله دروازه شاهی واقع است. این بنا از اهمیت بسیاری برخوردار است و گردشگران داخلی و خارجی زیادی در سفر خود به یزد از آن بازدید میکنند. با توجه به ارزش تاریخی و مذهبی مسجد جامع یزد، این بنا در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.