
مدرسه میرزا جعفر یک مدرسه علوم دینی در شهر مشهد است که در ضلع شمالی صحن انقلاب حرم امام رضا (ع) واقع گردیده و از بناهای با ارزش دوره صفویه به شمار می آید. این مدرسه را دو برادر به نام های میرزا محمد طاهر مشهور به "وزیر خان" و میرزا محمد جعفر مشهور به "سرو قد" در قرن یازده هجری قمری بنا نهادند. از آن جا که میرزا جعفر امور مربوط به ساخت بنا را بر عهده داشت مدرسه با نام میرزا جعفر شناخته شد. این مدرسه از نظر بنا و مکان از بهترین مدارس شهر است و حدود سه هزار متر مربع مساحت دارد. این بنا مانند بسیاری از بناهای تاریخی کشور توسط حجره های دو طبقه در دور تا دور فرا گرفته شده است. تمام اتاق های طبقه پایین و بالای آن دارای ایوان هستند و نمای داخلی آن با کاشی های معرق بسیار زیبایی آراسته شده اند. در قسمت درونی ایوان آیاتی از قرآن با خط ثلث سفید رنگ به زمینه لاجوردی نقش بسته و سقف ایوان نیز با کاشی تزیین شده است. این مدرسه کم نظیر پر از خطاطی ها، کتیبه ها، تابلوها و سایر شکل های ساختمان سازی در گذشته دور است. کاشیکاری های هفت رنگ و هماهنگ، زیبایی خاصی به این مکان می بخشد و بر کتیبه سر در حدیث معروف (اطلبو العلم) به چشم می خورد. صحن مدرسه 38 متر عرض و 57 متر طول دارد و حدودا دارای هشتاد اتاق است. میرزا جعفر در زمان ساخت این بنا کتابخانه ای نیز ساخت که معماری بسیار زیبایی دارد و در بخش داخلی آن طاقچه هایی برای چیدن کتاب در نظر گرفته شده است. کتابخانه در ضلع غربی مدرسه واقع شده است که دارای گچبری های نفیس و نقش هایی با آب طلا است. در زیر این کتابخانه سردابی است که مقبره شیخ حر عاملی، میرزا جعفر و فرزندش وجود دارد که در گذشته در ورودی آن از داخل مدرسه باز می شد. در حال حاضر در ورودی مقبره مذکور از داخل صحن انقلاب تعبیه شده است.
این مدرسه در زمان نادر شاه رونق خود را از دست داد اما در سال ۱۲۸۵ هجری قمری به دستور ناصر الدین شاه و توسط والی خراسان، حاج محمد ناصر خان ظهیر الدوله مورد مرمت و بازسازی قرار گرفت. در سال ۱۳۸۵ هجری شمسی قسمت هایی از آن توسط آستان قدس تخریب و دوباره با همان طرح اولیه ساخته شد. این مدرسه در طول سالیان بسیار یکی از مهم ترین مراکز حوزوی منطقه خراسان به شمار آمده است و در طول این سال ها حضور مراجع تقلید و چهره های برجسته زیادی را به خود دیده است.
این بنا اکنون نیز به عنوان بخشی از دانشگاه علوم اسلامی رضوی، نقش مهمی در تعالی فرهنگی و دینی جامعه ایفا می کند.